常用瀉劑或灌腸，缺少體力活動，或患慢性病如：營養不良、佝僂病、高鈣血癥、皮肌炎、呆小病及先天性肌無力等，都因腸壁肌肉乏力、功能失常而便秘。交感神經功能失常、腹肌軟弱或麻痹也常使大便秘結。服用某些藥物可使腸蠕動減少而便秘，如抗膽堿能藥物、抗酸劑、某些抗驚厥藥、利尿劑以及鐵劑等。

體格與生理的異常：如肛門裂、肛門狹窄、先天性巨結腸、脊柱裂或腫瘤壓迫馬尾等都能引起便秘。應進行肛門指檢、下部脊柱和會陰部檢查。有的患兒生后即便秘，如有家族史，可能和遺傳有關。

精神因素：小兒受突然的精神刺激，或環境和生活習慣的突然改變也可引起短時間的便秘。

引起嬰兒便秘的原因很多，在選擇治療方法時應先找對便秘的原因，根據病因選擇治療方式。改善飲食，訓練排便習慣也是很重要的。