9月28日～10月7日的“十一”黃金周運輸期間，實行高峰運行圖，在常態運行圖基礎上，增加30組動車組列車。預計車站共到發旅客突破700萬人，其中，10月1日將迎來發送旅客最高峰，預計發送旅客42萬人，創建站以來最高紀錄；10月7日為返程最高峰，預計到達旅客41萬人。

“送客進站擁堵”“接旅客停車難”是許多市民在高峰期出行時常常會遇到的難題。據廣州南站管委會綜合治理科王勇軍介紹，目前，“送旅客擁堵”的問題基本得到解決。同時，王勇軍表示，如果廣州南站旅客到發量維持在60萬人~70萬人的高位運行，那么早上5時廣州南站地區或會形成早高峰，產生交通擁堵的情況。王勇軍提醒，乘車抵達南站的旅客除了可以選擇東、西平臺進站外，也可以選擇廣州南站的南、北路直接進站。

對于“接旅客停車難”的問題，王勇軍表示，如果廣州南站旅客到發量維持在30萬人~40萬人，不會產生擁堵的情況。但如果高峰期維持在60萬人~70萬人的旅客到發量，停車場會溢出，部分車輛占用路面資源，形成廣州南站南、北路車輛的滯留和擁堵。

為解決這一問題，廣州南站計劃新建6個停車場。其中，出租車將集中在位于南站西廣場的新建P9停車場候乘，恢復南站北路的交通功能。新建的P10停車場對社會車輛開放的同時，準備將網約車在此進行集中管理。以后在廣州南站乘坐網約車，需要去特定的停車場。此外，還將新建P11到P14停車場，目前，這四個停車場正在施工中。如果網約車數量過多，P11、P12也將作為網約車停車場。

據悉，P9、P10、P11停車場將在國慶期間啟用，三個停車場可增加近1000個停車位。停車場設置完成的同時，周邊的標識標牌也進行了一些優化，對停放車輛位置進行指引。

9月18日至10月8日期間，廣州南站對所有進京列車進行二次驗證和安檢，車站在16~19區域設立了進京列車候車專區，建議乘坐非進京列車的旅客提前1～1.5小時到站候車，去往北京方向的旅客提前兩個小時到站。

此外，廣州南站新增19臺自助實名制驗證設備，對車站東北進站口、東平臺進站口、西北進站口和西平臺進站口四個實名制驗證區域的自助驗證設備和人工通道的布局進行優化和調整。廣州南站三層新增12條安檢通道，其中東安檢區域增加6條安檢通道，合計20條；西安檢區域增加4條安檢通道，合計18條；二次安檢專區增加2條安檢通道，合計6條。